1.中華民國八十九年一月十三日花蓮縣政府八九府秘法字第 922號令訂定發布全文 11 條;並自發布日施行
2.中華民國八十九年五月十二日花蓮縣政府八九府行法字第 043455 號令修正發布名稱(原名稱:花蓮縣政府環境保護局組織規程)
3.中華民國八十九年十一月二十八日花蓮縣政府八九府行法字第 124538號令修正發布第 1、4、9、11 條條文;並自發布日施行
4.中華民國九十年十月二十四日花蓮縣政府九十府行法字第 115718 號令修正發布;並自發布日施行中華民國九十年十月二十四日花蓮縣政府(90)府行法字第 115718 號令修正第 5、7、7-1、11 條條文;並自發布日施行
5.中華民國九十一年一月七日花蓮縣政府府人任字第 09100017040 號令修正編制表及員額配置表;並溯自九十年十月二十六日生效
6.中華民國九十四年五月三十日花蓮縣政府府人任字第 09400743150 號函修正編制表及員額配置表;並自九十四年五月一日生效
7.中華民國九十四年七月二十六日花蓮縣政府府人任字第 09401036210號函更正員額配置表;並自九十四年五月一日生效
8.中華民國九十五年五月三日花蓮縣政府府人任字第 09500659660 號令修正發布第 6、11 條條文暨編制表;並自九十五年五月一日施行
9.中華民國九十六年六月二十一日花蓮縣政府府人任字第 09600912240號令修正發布第 4、11 條條文;並自九十六年六月八日施行
10. 中華民國九十七年十月二十八日花蓮縣政府府人任字第 0970168055 號令修正發布全文 12 條暨編制表及員額配置表;並自九十七年四
月三十日施行
11.中華民國99年11月9日府人任字第0990194332號令修正發布「花蓮縣環境保護局組織規程」暨「花蓮縣環境保護局編制表」
12.中華民國107年7月24日府人任字第1070139201號令修正發布「花蓮縣環境保護局編制表」
13.中華民國112年2月6日府人任字第1120016136號令修正發布「花蓮縣環境保護局編制表」及「花蓮縣環境保護局員額配置表」,並自一百十二年三月一日生效
14.中華民國112年10月13日府人企字第1120205037號令修正發布「花蓮縣環境保護局組織規程」第六條暨「花蓮縣環境保護局編制表」、「花蓮縣環境保護局員額配置表」,並自中華民國一百十二年十一月三十日生效